В 1318 г. на трон взошел новый император по имени Го-Дайго. Бакуфу был значительно ослаблен и сиккэн практически отошел от дел. В этих условиях Го-Дайго попытался сместить регента и разрушить поддерживающую его систему. Он приступил к тщательной разработке своего плана.
Помня о том, что Го-Тоба не удалось заручиться поддержкой монахов с горы Хиэй, Го-Дайго поставил своего сына во главе монастыря Энрякудзу, чтобы привлечь на свою сторону сохэй. Он заручился также поддержкой Кусуноки Масасигэ, одного из величайших военных деятелей средневековой Японии.
В 1331 г. Го-Дайго бежал из Киото со всеми императорскими регалиями, вынудив бакуфу напасть на монастырь Энрякудзу. Настоятель монастыря нашел убежище в крепости Масасигэ в Кавати. Крепость была очень слабо защищена, и гарнизон составлял около 500 человек, поэтому Масасигэ устроил засаду, разделив свои силы — половина воинов оставалась в крепости, остальные укрылись в горах поблизости.
Осада была очень тяжелой для защитников крепости, и поэтому Масасигэ решил прибегнуть к военной хитрости. Он приказал соорудить огромный погребальный костер, на который положили трупы погибших защитников, а остальным воинам под покровом ночи удалось выскользнуть из крепости. Единственный оставшийся в крепости самурай сообщил на следующий день вошедшим в крепость воинам бакуфу, указывая на заваленный трупами пылающий костер, что прошедшей ночью защитники крепости совершили массовое самоубийство.
Военачальники бакуфу поверили в эту историю. Масасиге обосновался в хорошо укрепленном замке Тихая и начал собирать союзников против бакуфу. Число сторонников императора росло с каждым днем, в то время как положение бакуфу становилось все более неустойчивым. Масасигэ становился все смелее, а его планы — более хитроумными и дерзкими, однажды ему даже удалось заманить противника внутрь своей крепости и атаковать его.
Бакуфу решило покончить со сторонниками императора другим образом — устранив Го-Дайго. Асикага Такаудзи, который сражался с Масасигэ при Кавати, был отправлен арестовать императора. Но Такаудзи перешел на сторону Го-Дайго и от имени императора занял Киото. Вскоре после этого другой ветеран бакуфу, Нитта Ёсиса-да, ударил по самому Камакура, объявив себя сторонником императора. 5 июля 1333 г. бакуфу и сиккэн Ходзё были низложены.
Го-Дайго, ставший единоличным правителем, оказался перед лицом хорошо вооруженных, хорошо обученных, властных и амбициозных людей, ожидавших награды. В попытке ограничить власть самураев он назначил своего сына, принца Моринага, сегуном. Го-Дайго предпринял еще ряд ошибочных действий, ущемивших интересы людей, приведших его к власти.
Особенно обделенным чувствовал себя Такаудзи, и когда его послали в Киото, чтобы предотвратить попытку реставрации бакуфу, он присоединился к Ходзё и объявил войну императору, назначив себя командующим силами Камакура. Намерения Такаудзи были очевидны: учредить собственное бакуфу.
Два двора
Ответ не заставил себя ждать: сторонники императора собрались с силами и сначала выбили Такаудзи из Камакура, а затем оттеснили его на юг. Такаудзи отступал под натиском противника, пока не оказался на Кюсю, но, одержав в апреле 1336 г. убедительную победу над императорскими войсками, снова закрепляется на острове Хонсю. К этому времени у него уже была целая армия сторонников, воева-ших с ним на Кюсю.
Масасигэ бросился на помощь Нитта Ёсисада, командующему императорскими войсками. Го-Дайго приказал атаковать. Масасигэ умолял императора отступить к Энрякудзи, позволив Такаудзи захватить столицу, сохэй и самураи могли бы после этого обрушиться на город и отрезать Асикага пути к отступлению. Вне сомнения, это был довольно рискованный, но очень перспективный план. Но император не был военным человеком и не мог оценить преимущества тактического отступления. Он настаивал на сражении. Масасигэ знал, что драться бесполезно, но сделал это по приказу императора.
5 июля 1336 г. войска лоялистов под командованием Нитта Ёсисада и Кусоноки Масасигэ встретились при Минатогава с объединенными сухопутными и морскими силами Асикага. Отчаянно сражавшиеся воины императора с самого начала были обречены на поражение. Тяжело раненый и теснимый со всех сторон врагами Масасигэ совершил самоубийство; Ёсисада был вынужден оступить. Такаудзи вошел в Киото и в 1337 г. объявил одного из принцев новым императором. Но это был незаконный акт, поскольку Го-Дайго сохранял при себе все императорские регалии, а без них назначение нового императора не имело правовой силы.
Такое положение дел привело к расколу, длившемуся более 50 лет, когда существовали два императора, два двора и даже два различных летоисчисления при этих дворах. Легитимная династия Го-Дайго — Южный двор — базировалась в Ёсино, на юге Нара. Новая династия в Киото — Северный двор — активно сотрудничала с бакауфу Асикага.
В 1347 г. Кусоноки Масацура, сын Масасигэ, принял командование над сторонниками нового императора Южного двора Го-Мураками (император Го-Дайго умер в 1339 г.). Последние остатки клана Кусоноки были уничтожены в сражении и следующей весной.
В остальном период Намбокутё — время Северного и Южного дворов — не был насыщен политическими событиями. Оба двора предъявляли требования к самурайским кланам, раскалывая многие из них на отдельные фракции, пытавшиеся отстоять свои интересы. Самурайские семьи зачастую меняли свои политические ориентации; древние традиции преданности и верности ушли в прошлое.
16 декабря 1392 г. Южный двор осознал бесперспективность своего положения и уступил неизбежному. Эпоха соперничающих императоров закончилась. Нынешний император Японии принадлежит к династии Северного двора.