Внутри комплексов дороги или тропы, ведущие к различным строениям, как правило, грунтовые или посыпаны мелкой галькой или гравием. От злых духов и несчастий территории часто охраняют символические стражи.
С течением времени человек, наряду с сакрализацией природных точек («природные предметы, одинаково принадлежащие земле и небу, — высокие деревья, холмы, горы»), сакрализует и создает искусственные медиаторы, дворцово-храмовые ансамбли, города. Формируется определенным образом организованное пространство для осуществления религиозной ритуальной практики — территория святилища.
Строения на священных территориях появляются сравнительно поздно, исключение составляют Исэ дзингу и Идзумо тайся. Полагают, что хондэн в Касуга тайся был отстроен не раньше VIII в., только после того, как святилище приобрело статус родового храма Фудзивара. Источники отмечают, что уже в 804 г. Найку включал более 10 строений, такие как павильон императорской принцессы-жрицы, пожертвований, сокровищницу, павильон для приготовления божественной пищи, уединения и очищения для священнослужителей и другие. По мере развития государства, роста экономики, укрепления связей между центром и провинциями, централизации верований и развития ритуала, распространением влияния буддийской храмовой архитектуры, структура синтоистского святилища усложнялась, количество строений возрастало.
Синтоистское святилище может состоять из одного или несколько строений, расположенных либо внутри одного участка, либо на нескольких. Как и большинство культовых сооружений в мире, святилище начинается с ведущей к нему дороги, по-японски — сандэ. На ней могут стоять одни или несколько врат тории, маркирующих границу сакральной территории. Такими «подходами» является данкадзура в Цурагаока Хатимангу или широкий проспект Омотэсандэ, ведущий к Мэйдзи дзингу. Издревле территория святилища считалась табуированной, не только на вход, но также на сбор плодов деревьев и трав, рубку деревьев. И сегодня запрет полностью или частично соблюдается в таких святилищах, как Ицукусима дзиндзя, Мунаката дзиндзя. Внутри комплексов дороги или тропы, ведущие к различным строениям, как правило, грунтовые или посыпаны мелкой галькой или гравием. От злых духов и несчастий территории часто охраняют символические стражи. По обе стороны от входа устанавливают небольшие синтоистские храмы-охранители, пары животных, чаще всего комаину, или скульптурные изображения антропоморфных существ устрашающего вида, ниосама. Вдоль дороги встречаются каменные или бронзовые фонари торо. Святилище окружает одна или несколько оград — тамагаки, мидзугаки. Недалеко от входа располагается чаша с проточной водой под высоким навесом на четырех столбах — тэмидзу. По краям чаши лежат небольшие бамбуковые ковшики на длинной ручке. Название «павильон для омовения рук» объясняет его назначение. Каждый прихожанин совершает символическое очищение, мисоги, обязательный элемент синтоистского ритуала. Хондэн — главное строение комплекса, в которое помещен синтай, расположено в глубине территории, часто в окружении вековых священных деревьев, обвязанных симэнава. Это и комплексы Камо дзиндзя, Исэ дзингу, — в национальных заповедниках, и Икута дзиндзя, Тацута дзиндзя в небольших рощах густонаселенных урбанистических районов, и небольшие храмы в сельской глубинке. Архитектурная конструкция хондэн определяет стиль всего комплекса.
Одно из самых заметных строений храмового комплекса — хайдэн, павильон для молений и ритуалов, размещается перед хондэн. Часто это — самое большое строение, в котором прихожане поклоняются божеству и собираются во время проведения религиозных церемоний. В древности церемонии и ритуалы проводили на площадке перед святилищем, как до сих пор происходит в Исэ; в период Хэйан стали строить павильоны рэйдэн; термин хайдэн появился в эпоху Камакура.
Одним из важных элементов синтоистского ритуала является приношения божеству, осуществляемые как во время регулярных церемоний, так и при обыденных посещениях. Хэйдэн — павильон для приношений божеству получил название от хэйхаку — императорских пожертвований. В современных комплексах эти строения также часто используют для проведения церемоний. В территорию храма часто входили священные поля — сайдэн, на которых выращивали рис, предназначенный для подношения божествам, а также для приготовления сакэ и пищи для ками. Со временем под этим термином стали преимущественно понимать поля Юки и Суки, урожай с которых использовался в церемонии Дайдзёсай. Однако и сегодня, например, в Сумиёси тайся сохранилось поле, на котором ежегодно осуществляется ритуальная запашка на черных быках и сбор урожая. Приготовление божественных питья и пищи предполагает наличие специального строения, синсэндэн. В современных условиях это или небольшие самостоятельные павильоны, или часть хайдэн.
Ритуальные песенно-танцевальных композиции исполняются на сцене кагура дэн (или маидоно). Одним из замечательных, является крытая сцена в Цуругаока Хатимангу, сохранившаяся с XII в. В некоторых храмовых комплексах, как в Ясукуни дзиндзя, можно обнаружить и площадки для борьбы сумо.
Сэсся и масся — категории небольших святилищ, расположенных на храмовой территории большого святилища и находящиеся под его управлением. Они, как правило, либо связаны с почитаемым божеством в главном святилище, либо посвящены местному божеству (дзинусигами).
Сямусё — управление комплексом. В нем располагается администрация, управляющая святилищем, осуществляется продажа амулетов, эма, текстов норито, описаний храмов, а также помещение, где прихожане могут отведать церемониальную пищу. До периода Мэйдзи эту функцию исполняли частные дома священнослужителей.