Обычай передавать трон от брата к брату, установившийся в V—VI веках
Обычай многоженства, соблюдавшийся до 1868 года, значительно запутывает императорскую генеалогию. Неопределенность понятия законнорожденности, сложная сеть естественных и административных связей, выбор наследника среди сыновей супруг второго ранга в случае отсутствия потомства у главной супруги затемняют родство по женской линии. С эпохи Хэйан титул императорской супруги становится особым рангом, предоставляемым только девушкам из пяти семей вельмож (госэккё), которые уже по своему рождению могли стремиться к этому возвышению.
В родстве по мужской линии также не всегда легко ориентироваться. Обычай передавать трон от брата к брату, установившийся в V—VI веках, практика добровольных или вынужденных отречений и использование усыновления в случае — правда, это было нечасто — бездетности императора постепенно породили деликатные династические проблемы. Увеличение количества императорских детей (что вызывало политические затруднения) явилось причиной того, что очень быстро те ветви рода, которые не унаследовали высшее достоинство, оказались изолированными от своего августейшего происхождения. Наиболее старые или наиболее могущественные представители домов, учрежденных подобным образом, становились просто главами новых кланов. Эти кланы тогда приобретали родовое имя, обычно от названия земли, на которой они обосновались. Ветви семьи проживали вдали от двора, что вело к разрыву связей с императорской династией (как это произошло с семьями Минамото и Тайра в IX веке). Образованные подобным образом знатные дома все-таки сохраняли за собой возможность возобновить родство по прямой линии через заключение брака. Каждый глава такого рода, если ему удалось отдать свою дочь в императорские супруги, мог надеяться стать дедушкой будущего императора.
И если известно, что современный император Японии — сто восемьдесят четвертый император со времени легендарного Дзимму, — бесспорно, происходит от правителей, таинственные курганы которых еще сохранились на равнине Осаки, то не менее парадоксально, что его происхождение не может быть установлено со всей необходимой точностью. И поэтому совершенно неудивительно и то, что происхождение династии уходит в глубины древности, а император, чье происхождение теряется во тьме веков, вообще не имеет фамилии.