Слово «бакуфу» означает «походное правительство», поскольку состоявшее из военных правительство сёгуна было действительно мобильным.
При императорском дворе самый высший пост занимал канпаку, которого можно было бы сравнить с премьер-министром, хотя канпаку обладал большей властью и свободой. Канпаку подчинялись различные министерства и департаменты, которых было огромное множество.
Учреждение бакуфу Камакура (слово «бакуфу» означает «походное правительство», поскольку состоявшее из военных правительство сёгуна было действительно мобильным) привело к тому, что полномочия гражданских властей стали постепенно переходить к новой военной администрации. Одна из самых заметных перемен коснулась службы кэбииси, которая была окончательно распушена. Возможно, Ёритомо не мог забыть о том, что эту должность когда-то занимал его брат; в любом случае, он наделил местных правителей полномочиями самим вершить правосудие, ослабив централизованную систему власти. Он понимал: чтобы сохранить контроль над страной, необходимо пожертвовать частью своей власти. Безжалостный и расчетливый, он был очень способным администратором. Император правил уже только номинально. Истинным хозяном Японии, стоявшим за троном, был Ёритомо. Одной из причин, почему бакуфу было учреждено в Камакура, а не в Киото, было стремление оградить его от потенциального влияния императорского двора, а также изолировать двор и аристократию. Вскоре бакуфу приобрело все черты бюрократического аппарата с офицерами, наблюдавшими за военными делами, и чиновниками, контролировавшими все остальное.
Преждевременная смерть Ёритомо в 1199 г. в возрасте 52 лет вы звала оцепенение в новом правительстве. Общество все еще наход илось на стадии становления и не могло обходиться без вождя. Хотя бразды правления и перешли в руки юного сына Ёритомо, Ёрииэ, прошло три года, прежде чем он получил титул сёгуна. Но и тогда он все еще находился под опекой своей матери Масако и ее отца Ходзё Токимаса. Масако была настолько властной женщиной, что получила прозвище «ама-сегун» (монахиня-сёгун, поскольку после смерти Ёритомо фактически заняла его место). Токимаса сначала организовал насильное отречение и заточение Ёрииэ, а затем и его убийство.
Токимаса сделал сёгуном 12-летнего брата Ёрииэ, Санэтомо. Несмотря на все старания Гэндзи, он стал последним сёгуном Минамото. Так как Санэтомо был несовершеннолетним , ему требовался опекун, которым стал его дед Ходзё Токимаса, узаконивший положение регента. В возрасте 26 лет сёгун был убит.
В результате хорошо продуманных действий со стороны сиккэн Япония вскоре лишилась кандидатов на должность сёгуна. Тогда сиккэн Ходзё обратился с просьбой к отставленному императору Го- Тоба назвать очередного кандидата. Сиккэн хотел иметь на этой должности своего ставленника, однако Го-Тоба затягивал принятие решения, одновременно занимаясь поисками человека, который помог бы ему вернуть императорский трон. Между регентом и императором началась борьба за власть.
В 1221 г. Го-Тоба объявил действуюшего регента Ходзё Ёситоки вне закона и поднял восстание против бакуфу. Го-Тоба представил ситуацию так, что сиккэн и бакуфу, виновные в том, что узурпировали власть у божественного императора, находились в положении мятежников.
Го-Тоба обратился за помошью к сохэй Энрякудзи, призывая их поддержать его, но никто не откликнулся. Произошло несколько сражений и небольших стычек большей частью между приверженцами бакуфу и несколькими лишенными привилегий семьями, имевшими тесные связи с Хэйкэ и Фудзивара. Однако положение императора было слишком неустойчивым. Восстание периода Дзёкю закончилось повторной оккупацией Киото и насильственным изгнанием Го-Тоба.
В течение полувека царил мир. Затем, в правление восьмого регента, Токимунэ, от монгольского императора и властелина Китая хана Хубилая пришло письмо, в котором последний требовал от «царя Японии» выплаты дани, унижая японского императора неподобаюшим титулом. Благодаря тому, что Японией в это время руководило военное правительство, а не контролируемая Фудзивара придворная аристократия, сиккэн ответил на угрожаюшее требование Хубилая решительным отказом.